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La clasificación del tomate es un asunto que suele generar debate. ¿Es una fruta o una verdura? El diccionario de la RAE describe este alimento como una "baya roja, fruto de la tomatera, de superficie lisa y brillante, en cuya pulpa hay numerosas semillas algo aplastadas y amarillas". La definición de fruta es "fruto comestible de ciertas plantas cultivadas" y la de verdura es "hortaliza, especialmente la de hojas verdes".
El tomate es considerado una fruta desde el punto de vista de la botánica, tal y como expone el Consejo Europeo de Información sobre la Alimentación (EUFIC). Según la ciencia, una fruta tiene al menos una semilla y crece de la flor de una planta. El tomate encaja en esta definición por cumplir con estas características. En cambio, el término verdura se usa en botánica de manera general para abarcar el resto de partes comestibles de una planta, como sus raíces, sus tallos y sus hojas.
El citado organismo también recoge que el tomate es considerado una verdura dentro del mundo culinario, que distingue entre frutas y verduras fijándose en aspectos como el sabor y la textura. El tomate se utiliza, al igual que otros ingredientes de origen vegetal, en ensaladas y como guarnición.
El debate en torno a la clasificación del alimento llegó incluso a la Corte Suprema de Estados Unidos. Aunque el tomate siempre había sido considerado una hortaliza, la situación cambió cuando se aprobó una ley en el país en 1887 para subir los impuestos a las hortalizas importadas. Las empresas afectadas intentaron demostrar que el tomate es una fruta para quedar exentas de pagar.
Las investigaciones correspondientes en la época exponían que el tomate es el producto del ovario de una planta con flor, con lo cual, es una fruta. Por aquel entonces, el Gobierno estadounidense argumentó que se servía en la ensalada y no como postre, por lo que no aceptó el cambio de clasificación. El Tribunal Supremo acabó haciéndolo posteriormente.